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Encore étudiant, il rejoint l'ALN en 1956 au Maroc, devient secrétaire de la Wilaya V est nommé commandant en 1962. Député de Tlemcen (1964-1965). Ministre de la Jeunesse et des Sports et du Tourisme (1963-1964) puis des Affaires Étrangères (1963-1979).
Membre du Comité Central et du Bureau Politique du F.L.N (1964-1965) et du Conseil de la Révolution (1965-1979).
Ministre conseiller à la Présidence et membre du Bureau Politique du F.L.N
(Réf. Med Harbi : le F.L.N, Mirage et Réalité, p.42)

Début décembre 1961, le capitaine Bouteflika, sous une identité Marocaine rend visite aux prisonniers du château d'Aulnoy.
Il persuade Ben Bella de prendre le parti de l'EMG de Boumediene contre le GPRA qui négocie à Evian.
Le 22 mars 1962 à Oujda, il fera applaudir Ben Bella au détriment de Boudiaf et Aït Ahmed.
Cette scission entre l'EMG et le GPRA est à l'origine de l'anarchie qui s'installe en Algérie de juillet à septembre 1962 et qui se traduit par de graves débordements :
massacres de Harkis, racket et enlèvement d'Européens, guerre des Wilayas contre l'A.LN extérieure (réf.Med Harbi, Redha Malek, Mohammed Benyahia, Ali Haroun).

Secrétaire du Commandement Ouest et de la Wilaya 5 à Oujda, le commandant Bouteflika n'a pu ignorer la directive 442 du 10 avril 1962, relative aux "harkis, goumiers et ralliés servant dans les rangs ennemis", directive qui est une violation flagrante des accords d'Evian :

"Si la révolution les a condamnés, il n'en reste pas moins que le peuple les frappe de son mépris et continuera à les haïr et les nier...
Nous devons user de tact et agir avec souplesse afin de les gagner provisoirement...
Leur jugement final aura lieu dans une Algérie libre et indépendante devant Dieu et devant le Peuple qui sera seul responsable de leur sort...
Les égarés abandonnés doivent être surveillés dans leurs moindres gestes et inscrits sur une liste noire qu'il faudra conserver minutieusement"
(ref.SHAT 1H 3046/3).

Ministre des Affaires Étrangères de 1963 à 1979, A. Bouteflika cautionne une politique de conflit avec la Tunisie (soutien à Salah Ben Youssef) et avec le Maroc (guerre des sables, soutien du Front Polisario).

Ministre de Ben Bella puis de Boumediene jusqu'en 1979, il a une certaine responsabilité dans la politique dictatoriale du parti unique :
fanonisme et autogestion socialiste, industrialisation forcée, arabisation et islamisme rétrograde culture de guerre qui selon G. Pervillé "a pris trop souvent la forme d'une propagande antifrançaise démentant le discours sur la coopération exemplaire entre les anciens adversaires".
Or, ce sont les échecs de cette politique qui ont conduit aux émeutes de 1988 et à la montée de l'islamisme (Ref. F.Abbas, Med Benyahia, A. Nouschi, D. Lefeuvre C.R. Ageron et B. Stora-revue l'Histoire d'avril 1999).

Devenu Chef de l'Etat Algérien et élu en avril 1999 par une majorité d'électeurs alors que tous les autres candidats s'étaient retirés, Bouteflika a adopté en septembre 1999 un programme de "concorde civile" par lequel il accorde la pardon à des Islamistes repentis.
Ce programme courageux n'a obtenu que des résultats limités et les maquis islamistes
se livrent toujours à des attentats meurtriers.

Sur le plan international, M. Bouteflika s'est fait remarquer par sa volonté de conciliation avec ses voisins, ainsi que dans le conflit Palestinien et dans la guerre entre l'Éthiopie et l'Erithrée.

On dit qu'il souhaiterait recevoir le Prix Nobel pour son action en faveur de la paix.